Esse não é o mundo que conhecemos. Lá existe uma garota com cabelo preto, roupas escuras, e um olho azul brilhante. Seu nome é Black Rock Shooter. Com um grande canhão em sua mão, ela entra em uma batalha feroz... Enquanto isso, em outro mundo, Kuroi Mato, estudante do fundamental, se aproxima de Takanashi Yomi, sua colega de sala, que tem um sobrenome peculiar. Mato, se esforça para conversar com Yomi, que não se abre. Koutari Yu, deprecia os esforçar de Mato, sua melhor amiga, mas ao mesmo tempo, a ajuda. Mato, também se encontra cercada de personagens vivos na escola, como a excêntrica conselheira escolar, Irino Saya e a capitã, de sangue quente, do seu clube, Kohata Arata. Certo dia, de repente, uma oportunidade aparece. Após Mato ver que Yomi, tem seu amado livro ilustrado, "O Passarinho e as Cores", elas iniciam uma conversa e Mato é convidada à casa de Yomi. Lá, elas vão ficando mais amigas, até que uma garota em uma cadeira de rodas aparece. Ela é a melhor amiga de Yomi, Izuriha Kagari... Dois mundos. Mato e Black Rock Shooter. Essa é a história da "agonia" delas.