No primeiro dia de aula após as férias de verão, o estudante Aoba é atacado por um robô gigante que surge do céu. Enquanto ele era perseguido pela cidade, sua colega Hina aparece em outro robô. Ela o resgata, e diz-lhe enigmaticamente "Dio está esperando por você", antes de desaparecer. Então Aoba é transportado à uma nova realidade onde começa a sua nova vida como o piloto da Aliança do Tratado Livre contra a Grande República Zogilia.