A história se passa durante Junho de 1983, numa vila rural fictícia chamada Hinamizawa (雛見沢?). O personagem principal da série, Maebara Keiichi, se muda para Hinamizawa e se torna amigo de suas colegas de classe: Ryuugu Rena, Sonozaki Mion, Furude Rika, Houjou Satoko e posteriormente Sonozaki Shion. A tranquilidade termina quando é iniciado o festival anual Watanagashi, que comemora e agradece ao deus local, Oyashiro-sama. Keiichi aprende que no dia dos festival, nos últimos quatro anos, uma pessoa é assassinada e outra desaparece e nunca mais é vista. Keiichi então começa a investigar os estranhos eventos envolvendo o festival Watanagashi e o deus Oyashiro-sama. Em cada um dos primeiros arcos da história, um dos amigos se torna paranoico e comete os crimes. Geralmente os crimes envolvem o assassinato de seus próprios amigos. A verdade dos fatos só é Reboot da série onde eventos estranhos começam a acontecer em uma pequena vila.