Yu-Gi-Oh! O Lado Negro das Dimensões continua a saga do jovem que remontou o Enigma do Milênio e divide seu corpo com o espírito de um antigo Faraó, arco inicado na série Yu-Gi-Oh!. O filme segue Yugi Moto e seu rival Seto Kaiba em um novo duelo que botarão sua experiência à prova, uma batalha que transcenderá as dimensões.