A história se passa na cidade de Seattle, em pleno século XXI, durante uma grave recessão na economia americana, causada por um ataque terrorista onde Max Guevara, um ser humano modificado geneticamente em laboratório, é perseguida pelos Estados Unidos após escapar de uma base militar. Logan Cale, um jornalista que luta contra a corrupção e o governo, ajuda Max em sua fuga em troca de serviços, mas com o passar do tempo, eles acabam se apaixonando. Porém, encontram muitas dificuldades para conseguir manter esse relacionamento complexo em paralelo com suas buscas pessoais, já que enquanto Logan quer combater as injustiças da sociedade, Max tenta achar seus "irmãos" e se manter longe de Manticore, instituição secreta do governo dos E.U.A. que a criou junto com os outros transgênicos com o intuito de conceber o soldado perfeito.