A história gira em torno de três guerreiros: um monge, Kung Lao; um guarda exilado, Siro; e uma ladra, Taja. Numa geração passada, Kung Lao foi vencedor do torneio Mortal Kombat, ao derrotar o Feiticeiro Shang Tsung. Diz a lenda que ao vencer o torneio, o Reino da Terra fica a salvo do Imperador de um Reino maligno chamado Outworld. O Imperador desse Reino é Shao Kahn. Frustrado pelo fracasso da conquista do Reino da Terra, Kahn ordena aos seus súditos que invadam o Reino da Terra para matarem Lao, responsável pela derrota de Shang Tsung no torneio e consequente perda da oportunidade de conquista deste reino. Liderados pelo Deus do Raio e do Trovão e Protetor do Reino da Terra, Lord Rayden, os três guerreiros e amigos têm de se defender contra os ataques dos guerreiros vindos sob ordem de Kahn e também dos agentes enviados por Tsung, que mesmo aprisionado nas terríveis Minas de Cobalto ainda não esquece de sua vingança contra Lao, ao qual culpa por sua ruína e deseja sua morte.