Quando o Caveira Vermelha está morrendo devido à sua falha no "Soro de Super Soldado" , ele e sua equipe juntamente com M.O.D.O.K. (que atualiza a tecnologia da Hidra (Marvel Comics)) para sequestrar o Capitão América, assim o Caveira" possa transferir sua mente para o corpo do Capitão, cujo soro funcionou perfeitamente. Depois da sua derrota por uma equipe remontada dos Vingadores, Caveira Vermelha rouba a armadura do Homem de Ferro, usando como um sistema de suporte de vida, deixando Tony como morto. Os Vingadores levam Stark para colocar uma nova armadura, mas Caveira Vermelha os ataca em sua mansão e é novamente derrotado, porém a Mansão dos Vingadores é destruída durante a luta. Na segunda temporada, os Vingadores enfrentam o Titã louco chamado Thanos (que o Caveira Vermelha deu o Tesseract no final da primeira temporada), o vilão está na caça das Joias do infinito para colocar na sua Manopla do Infinito. Quando os Vingadores conseguem derrotar Thanos, depois de muito trabalho duro, as jóias são drenadas por Ultron que ameaça exterminar a raça humana após possuir o corpo do Arsenal. Depois de os Vingadores finalmente derrotarem o Ultron, o Homem-Formiga torna-se um novo membro oficial da equipe. Há também uma subtrama detalhando a chegada do Esquadrão Supremo