A série se inicia no passado onde o mestre das trevas chamado "Aku" (conhecido no Brasil como "Abu"), causou muita destruição e sofrimento para a humanidade na época, mas havia uma família de grandes guerreiros que possui uma espada mágica, a única arma que pode deter Aku. Após uma épica batalha entre o imperador e Aku, este é aprisionado pelo poder da espada. Muitos anos se passaram e Aku conseguiu se libertar e voltou para se vingar do imperador e levar destruição para o mundo novamente. Assim, Aku derrota o imperador, mas a família do imperador esconde a espada mágica e envia o filho do imperador para várias partes do mundo, onde possa aprender com os grandes mestres a utilizar todos os tipos de armas, vários tipos de montarias, artes marciais, e novas habilidades em geral. Enquanto Aku toma o poder, o filho está viajando e se tornando um grande samurai e enfim se tornar o único poderoso o suficiente para aprisionar Aku novamente. Quando adulto, ele volta a sua cidade natal para reivindicar a espada mágica e acabar com o mal. Aku não pode superar o poder da espada mas, antes do golpe final, Aku consegue mandar o filho do imperador para o futuro, onde ele é o grande governador do mundo e do universo. Já no futuro, habitantes locais chamam o filho do imperador de Jack e começa a saga desse poderoso Samurai, que precisa enfrentar todo o tipo de obstáculo para conseguir voltar ao passado e desfazer o futuro terrível governado por Aku